La faune sauvage a connu des effectifs fluctuants et a toujours nécessité, en dehors des plaisirs du roi (chasse à courre et tirés dans les parquets), une régulation afin de protéger les populations, les récoltes, la régénération de la forêt.
Le cerf, herbivore mais qui apprécie les jeunes pousses ligneuses et dont le domaine vital en forêt est de plusieurs milliers d’hectares peut vivre une vingtaine d’années.
Il semble avoir toujours été présent et en abondance sous l’Ancien Régime protégé par la capitainerie des chasses et le personnel de la vènerie.
Les biches n’étant pas chassées à courre, leur tir a été ordonné lorsque les populations excédentaires détruisaient les récoltes (600 biches éliminées en 1753, 500 cerfs et biches entre 1820 et 1822) et des entreillagements
ordonnés pour protéger les régénérations dès le Moyen Age.
Alors que les populations de cerfs et biches étaient estimées à 300 animaux dans les années 1950, elles n’étaient plus que de 200 à 230 au début des années 1980 sous l’effet du braconnage et des collisions sur les routes.
La fermeture des allées forestières dans les années 1970 a été favorable à la reproduction et a limité le braconnage.
Des repeuplements à partir d’animaux repris à Chambord ont permis une remontée spectaculaire des populations, stabilisées aujourd’hui entre 650 et 700 animaux, alors même qu’est réalisé chaque année un plan de chasse 220 cerfs et biches, correspondant à l’accroissement annuel de la population (chaque biche adulte donnant naissance à un faon).
Le chevreuil, animal de lisière qui se nourrit principalement de recrus ligneux, et dont le domaine vital est réduit à quelques dizaines d’hectares a toujours été présent mais à des niveaux assez modestes de l’ordre de 300 animaux, alors même que les chevrettes adultes mettent bas deux jeunes chaque année. La concurrence avec les populations de cerfs peuvent expliquer ces niveaux de population.
Le sanglier, longtemps considéré comme animal de passage à Fontainebleau a vu ses populations exploser sous l’effet de mesures de protection efficaces (protection des laies de plus de 50 kg, les plus prolifiques, protection des laies meneuses et des laies suitées de jeunes).
Les populations qui devaient être de 400 animaux avant naissance en 1990 ont du dépasser 1500 en 2006, année record pour atteindre 1000 animaux aujourd’hui, grâce à une pression de tir très forte pour diminuer les populations qui détruisaient les cultures agricoles riveraines, les régénérations et envahissaient Fontainebleau et les villages alentour !
Loups et renards, classés prédateurs, ont toujours été pourchassés, tout comme les blaireaux, loutres et autres bêtes nuisibles
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Les murs construits autour de la forêt permettaient de s’en protéger.
Le loup a disparu dans les années 1870, le renard est régulièrement régulé.
Quant aux lapins considérés comme un fléau pour les régénérations et les plantations il était capturé, tiré, détruit par tous les moyens jusqu’à ce que la myxomatose en réduise les populations fortement et de manière durable.