L'instruction minitérielle de novembre 1993, sur la prise en compte de la biodiversité dans la gestion forestière, précise les recommandations et les actions pour assurer la conservation et ou la restauration de la diversité biologique dans les milieux naturels.
Elle prévoit, notamment à des fins écologiques et, ou, scientifiques la création de réseaux de réserves biologiques pouvant être de deux types.
Les réserves dirigées
Leur objet est le maintien ou la restauration d'éléments biologiques particulièrement remarquables, ces buts impliquant, ou non, des interventions culturalesLes réserves intégrales
Leur objet est la libre expression de processus evolutifs naturels de certains écosystèmes, elles ne sont l'objet d'aucune intervention, ni d'aucune exploitation.
Ces écosystèmes, communs, doivent être représentatifs de la diversité écologique des forêts de France.
Les réserves dirigées
La protection de certains milieux ou espèces reconnus comme remarquables, peut exiger des règles de gestion particulières.
Cela concerne le plus souvent des sites ponctuels
Lorsque ces milieux remarquables occupent une surface suffisante et exigent une modification significative des règles de gestion, l'aménagement forestier doit distinguer des séries d'intérêt écologique particulier.
Ces séries peuvent être combinées, pour tout ou partie, en réserves biologiques dirigées.
Les critères de remarquabilité sont les suivants :
- La rareté appréciée à l'échelle européenne, nationale, régionale ou locale
- La rareté d'un habitat naturel
- La rareté d'espèces, de sous-espèces, d'écotypes ou de races
- La vulnérabilité
- Ce sont les menaces sur l'habitat et, ou, sur les espèces qui la mesure (on tient compte aussi de la fragilité relative)
- La diversité
- Diversité des habitats naturels remarquables dans la région
- Diversité des habitats naturels remarquables sur le même site (conditions stationnelles)
- Diversité des espèces remarquables sur le même site
- La particularité
- L'endémisme
- La marginalité chorologique (espèces souvent relictuelles)
- La marginalité écologique (présence atypiques d'espèces)
- Les combinaisons rares d'espèces
- Espèce commune avec des singularités botaniques exceptionnelles
- La naturalité
- Milieux faiblement soumis à l'action des hommes (donc peu répandus)
- La viabilité
- Espace suffisant pour que l'objectif puisse être atteint
- Environnement ne remettant pas en cause l'intétrêt de la réserve
Les réserves intégrales
Elles doivent être représentatives de la diversité écologique des forêts de France.
voici les principaux habitats forestiers correspondant :
- Forêts caducifoliées mélangées ou mixtes (avec sapin et,ou, épicéa) : Querco-Fageta
- Groupements riverains des lits majeurs soumis à inondations (Alno-fraxinetalia).
- Forêts thermophiles à chênes pubescents (Quercetalia pubescenti-petraea).
- Chênaies, chênaies-hêtraies, idem acidiphiles,chênaies-pineraies, pineraies (Quercetalia robori-petraea).
- Pineraies calcicoles ou neutrophiles-climacique : Epipactido Atropurpurea-Pinetea
- Pineraies continentales à pins sylvestres, ou montagnardes avec pins à crochets (Erico herbaceae-pinetalia sylvestris)
- Pineraies sous influence méridionale (buxo-pinetalia)
- Forêts acidiphiles résineuses,montagnardes et subalpines : Vaccinio-Piceeta Abietis
- Forêts résineuses boréo-alpines (Piceetalia-abietis)
- Groupements forestiers arbustifs à espèces sclérophylles méditerranéennes : Quercetea ilicis
- Forêts d'arbres sclérophylles caducifoliés et de conifères (Quercetalia ilicis)
- Végétation héliophile arbustive de manteau (Quercetalia ilicis)
Les trois premiers habitats, ci-dessus, sont présents à Fontainebleau.